Dans notre nourriture, les éléments nutritifs sont l'eau, les gras, les protéines, les hydrates de carbone, les vitamines et les minéraux. Il s'agit ici de la façon habituelle de parler et plusieurs s'y retrouvent.

Pourtant, il serait plus précis de faire référence aux acides aminés plutôt qu'aux protéines (ou protides). En effet, les protéines contenues dans notre nourriture (viande, poisson et légumineuses surtout) sont d'abord défaites en filaments dans l'estomac, puis en unités minuscules dans les intestins. Ces particules sont les acides aminés. Ils traversent la paroi intestinale pour se déverser dans la veine cave qui les amène au foie. Là ils sont soit assemblés en de nouveaux peptides ou protéines soit modifiés en d'autres acides aminés; sinon, ils sont déversés dans le sang pour parvenir aux autres cellules du corps.

Notre organisme s'approvisionne donc en acides aminés de la même façon qu'il retire les gras, les vitamines et les autres éléments de la nourriture. Les protéines alimentaires seraient le principal véhicule des acides aminés nécessaires à notre corps.

La protéine
Le code génétique (le message nucléique qui informe comment construire les êtres vivants) ne mentionne que 20 acides aminés. Il indique, de fait, quel acide aminé, parmi les 20, doit venir après quel autre. Deux acides aminés ainsi reliés par le lien peptidique constituent un dipeptide; trois, un tripeptide; plusieurs, un polypeptide. Un polypeptide ou filament d'acides aminés, qui s'enroule sur lui-même et prend ainsi forme particulière, est une protéine. La forme d'une protéine varie selon les acides aminés en présence et selon la séquence adoptée dans la chaîne (le filament).

Acides aminés de base
Nous appellerons acides aminés de base les acides mentionnés par le code génétique. Ce sont, par ordre alphabétique : l'acide aspartique, l'acide glutamique, l'alanine, l'arginine, l'asparagine, la cystine, la glutamine, la glycine, l'histidine, l'isoleucine, la leucine, la lysine, la méthionine, la phénylalanine, la proline, la sérine, la thréonine, la tyrosine, le tryptophane et la valine.

Acides aminés non essentiels
Une fois construit, l'organisme peut se fabriquer lui-même des acides aminés, à partir d'autres acides aminés, de gras, d'hydrates de carbone ou de vitamines. On le appelle acides aminés non essentiels. Non essentiel, chez les aminoacides et les acides gras, veut dire que l'organisme peut en fabriquer; le terme ne fait donc pas référence à leur nécessité pour l'organisme puisqu'ils sont tous indispensables.

Parmi les 20 acides aminés de base, voici la liste de ceux qui sont non essentiels : l'acide aspartique, l'acide glutamique, l'alanine, l'arginine, l'asparagine, la cystine, la glutamine, la glycine, l'histidine, la proline, la sérine et la tyrosine. L'organisme peut donc s'approvisionner en ces acides aminés par la nourriture sinon s'en fabriquer lui-même.

Acides aminés essentiels
Les acides aminés essentiels sont les acides aminés, parmi les 20 de base, que l'organisme ne peut synthétiser. Il doit donc les trouver dans les aliments ou sous forme de suppléments. Les acides aminés essentiels sont : l'isoleucine, la leucine, la lysine, la méthionine, la phénylalanine, la thréonine, le tryptophane et la valine.

Trois acides aminés non essentiels de base peuvent être essentiels sous des conditions particulières. Chez le nouveau-né, par exemple, l'histidine et l'arginine sont essentielles. Chez le poupon, l'histidine demeure essentielle. La glutamine devient essentielle chez les traumatisés, les grabataires et ceux qui relèvent d'une chirurgie lourde.

Acides aminés physiologiques
Les acides aminés synthétisés par l'organisme, ou non essentiels, et qui ne sont pas de base sont les acides aminés physiologiques. Les plus remarquables et traités dans le livre Je mange, je me guéris : mes aliments sont mes médicaments sont la cystéine, la carnitine, l'ornithine et la taurine. Le GABA et la citulline sont également mentionnés.

La D-phénylalanine est un acide aminé synthétisé en laboratoire; elle a été retenue pour ses vertus thérapeutiques intéressantes. Elle est mélangée à la phénylalanine, l'acide aminé essentiel de base, pour donner la DL-phénylalanine.